Kementerian Agama dihadapkan pada tanggung jawab besar setelah urusan haji dan umrah dipindahkan ke lembaga baru. Kini, fokus utama adalah penguatan pendidikan keagamaan, terutama di pesantren. Dengan jumlah lebih dari 42 ribu pondok pesantren dan hampir 11 juta santri di seluruh Indonesia, banyak pihak berpendapat bahwa Kemenag perlu memiliki Direktorat Jenderal Pesantren untuk mengelola dengan lebih intensif dan memperkuat peran lembaga pendidikan Islam tersebut.
Wakil Menteri Agama, Romo Muhammad Syafii, menekankan pentingnya pembentukan Dirjen Pesantren secara historis dan sosiologis. Ia menyoroti kontribusi pesantren dalam sejarah bangsa Indonesia dan perlunya sebuah lembaga yang lebih kuat untuk mengelola jumlah pesantren dan santri yang begitu besar.
Syafii juga menegaskan bahwa pesantren memiliki tiga fungsi pokok yaitu pendidikan, dakwah, dan pemberdayaan masyarakat. Namun, hingga saat ini, fokusnya masih pada fungsi pendidikan. Oleh karena itu, perlunya memperkuat peran pesantren dalam dakwah moderat dan pemberdayaan masyarakat melalui kelembagaan yang lebih fokus.
Mantan Menteri Agama, Lukman Hakim Saifuddin, juga menyuarakan pentingnya kehadiran Ditjen Pesantren untuk memberikan pengakuan, proteksi, dan fasilitasi bagi pesantren agar semakin kokoh dalam menjalankan peran sejarahnya. Dia menekankan bahwa pesantren adalah bagian dari nasionalisme Indonesia.
Direktur Pesantren Kemenag, Basnang Said, menjelaskan bahwa wacana pembentukan Ditjen Pesantren telah muncul sejak 2017, namun masih tertunda karena belum memenuhi syarat kelembagaan. Namun, dukungan negara tetap penting agar fungsi pesantren dapat optimal, dan hal ini dapat terwujud melalui pembentukan Ditjen Pesantren. Negara pun telah memberikan perhatian melalui berbagai program afirmasi, namun keberlanjutan program tersebut akan lebih kuat jika didukung oleh Ditjen tersendiri.
