Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas dengan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga sekolah dasar. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas Amerika top, meskipun ia memiliki prestasi yang tinggi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada dekat dengan rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno tentang Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai pemimpin redaksi majalah sekolah. Penting untuk dicatat, selama masa ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
